Setor responsável pela regulação e fiscalização do transporte intermunicipal rodoviário e aquaviário de passageiros e terminais rodoviários, que se resume na elaboração de normas, resoluções e fiscalização com intuito de garantir a qualidade na prestação de serviços. Dessa forma, antes de viajar o usuário deve verificar se o veículo que irá conduzí-lo está devidamente autorizado pela ATR a prestar o serviço. Todos os ônibus e vans regulares possuem um adesivo na lateral do veículo com o número de registro cadastral da ATR.
O setor de Operacionalização faz atendimento aos permissionários, empresas e cooperativas que fazem o transporte rodoviário intermunicipal de passageiros. É realizado também, estudos para procedimentos de autorização de itinerário, alteração de horários, prolongamento, encurtamento, fusão de linhas e atualização de cadastro de permissionários e veículos tipo ônibus e micro ônibus.